Ngoài ra, những ý kiến chưa đồng tình với Dự thảo chương trình giáo dục tổng thể về việc xây dựng môn Lịch sử thành môn tự chọn cũng cho rằng, đội ngũ giáo viên hiện nay không dạy được môn học mới này và nếu để kiến thức Lịch sử  ở 3 môn công dân với Tổ quốc, KHXH, Lịch sử ở cùng cấp học sẽ khiến cho kiến thức Lịch sử bị xé lẻ hoặc chồng chéo giữa 3 môn. 

Về ý kiến này, Ban xây dựng chương trình cũng khẳng định đây là vấn đề có nhiều yêu cầu mới của chương trình giáo dục phổ thông nên không thể tránh khỏi những băn khoăn, thắc mắc, đồng thời lý giải như sau: Theo định hướng đảm bảo tính thống nhất giữa tích hợp và phân hóa trong GD để người dạy, nhất là người học dễ dàng vận dụng tổng hợp các kiến thức khác nhau những có liên quan để giải quyết vấn đề trong học tập và trong cuộc sống nhằm phát triển phẩm chất vá năng lực của người học thì mỗi môn học cần phải đề cập nhiều lĩnh vực kiến thức và mỗi lĩnh vực kiến thức cần được bố trí trong một số môn học khác nhau.

Mỗi lĩnh vực giáo dục được thực hiện qua nhiều môn học, trong đó có một hoặc một số môn học cốt lõi. Nhà giáo dục giỏi phải biết tổ chức nội dung trong từng môn học, cũng như giữa các môn học sao cho các kiến thức được dạy không bị chồng chéo mà lại có tác dụng soi sáng, hỗ trợ lẫn nhau để tăng hiệu quả giáo dục. 

Hơn nữa, các mạch kiến thức trong từng môn không phải là sự sắp đặt cạnh nhau đơn giản mà có sự tích hợp ở mức độ cần thiết, đảm bảo giáo viên từng môn học hiện nay sẽ dạy được từng mạch kiến thức tương ứng. Mặt khác, việc thiết kế như vậy tạo thuận lợi cho việc thiết kế trong mỗi môn học có thêm những chuyên đề tích hợp sâu. Hiệu trưởng trường phổ thông sẽ căn cứ năng lực thực tế của từng giáo viên để phân công giảng dạy từng chuyên đề cụ thể. Ban xây dựng chương trình cũng đưa ra căn cứ: Cuộc thi giáo viên thiết kế và dạy học các chuyên đề tích hợp trong 2 năm qua đã chứng minh hiện nay những giáo viên giỏi đã tự thiết kế và dạy được một số chuyên đề dạng này. Đồng thời các trường sư phạm cũng phải đổi mới chương trình và đổi mới cách thức tổ chức đào tạo để đào tạo được những giáo viên dạy được toàn bộ các nội dung trong từng môn học mới của chương trình giáo dục phổ thông.

Về lo ngại nội dung môn Lịch sử  sẽ bị chồng chéo với các môn được tích hợp, Ban xây dựng chương trình giáo dục phổ thông lý giải, việc xây dựng chương trình, viết SGK phải tránh chồng chéo, lặp lại kiến thức Lịch sử  giữa môn công dân với Tổ quốc với môn KHXH, giữa môn công dân với Tổ quốc với môn Lịch sử. Việc lựa chọn, tách ra và sắp xếp như thế nào trong các môn học là nghệ thuật của nhà giáo dục trong việc chuyển tải nội dung khoa học thành nội dung dạy học, tránh cho môn học không chỉ là bản sao chép rút gọn một khoa học chuyên ngành.

Ban xây dựng chương trình giáo dục phổ thông cũng cho rằng, cách sắp xếp các môn học công dân với Tổ quốc và môn KHXH (hoặc môn ) Lịch sử  trong Dự thảo chương trình mới là kết quả của việc rút kinh nghiệm nhằm khắc phục hạn chế của chương trình hiện hành và tiếp thu có chọn lọc kinh nghiệm chương trình giáo dục của một số nước.